Ett naturreservat skapades 2005 för skogen och naturmarkerna söder och öster om herrgården. Ett småskaligt jordbruk, baserad på ekologiska grödor (delvis finansierade med EU-medel) är gynnsamt för markerna. Här har konstgödsel aldrig använts, vilket avspeglas i vegetationen mellan skogsbryn och åker. Tre olika vandringsleder finns uppmärkta med olika färger runt ön. Två rastplatser med eldstad och stockar finns vid Salta Skär och Hästskoviken. Vid Salta Skär finns även en badbrygga och TC öppet för allmänheten.
Bryggholmen karaktäriseras av ett småbrutet odlingslandskap som är typiskt för Mälarområdet med små, flikiga åkrar och lövrika bryn och kullar. Bryggholmens skogsmarker utgörs av lummiga ädellövrika lundar, lövrika barrblandskogar, sumpskogar samt delar med rationellt skött barrskog. Stränderna är omväxlande med blockrika skogsmarker, klippor och hällar, strandsumpskogar och strandängar. Närmare Bryggholmens gård kan man ströva i ädellövrika marker karaktäristiska för många av regionens herrgårdar. 
Öster om gården finns rester efter "Lillesjön", idag endast med några kvardröjande vattenspeglar. På 1686 års karta meddelas att "Lille Siön, Om Wåhren Fås ther Ruudor elliest Fiskas ther inthet och är mestedels igengrodt".
Bryggholmen har mycket höga naturvärden. Här återfinns en rad värdefulla naturtyper med en hög artrikedom. Ungefär 20% av Bryggholmens skogsmark utgörs av nyckelbiotoper, områden som anses vara viktiga livsmiljöer för hotade arter. Ett par av de funna arterna kan endast återfinnas på ett fåtal lokaler i Sverige. Misteln kan sägas vara en karaktärsart för Bryggholmen. Misteln är Västmanlands landskapsblomma, sällsynt i Uppland och är här fridlyst.
Ön har även mycket höga värden för friluftslivet. Strävan kommer att vara att utveckla detta till attraktiva strövområden och utflyktsmål, med vårdade vandringsleder och rast- och badplatser.
Bryggholmen ingår i EU:s lista över regionens prioriterade områden (Mål 5b, skärgården - natur-/kultur) (Arnö, Bryggholmen, Ängsholmen och Flatgarn).
Bryggholmens trädgård och park
Trädgården på Bryggholmens herrgård befinner sig under utveckling mot fornstora dagar. Vid en inspektion kan fortfarande spåras en omfattande äldre odlingskultur med intensivt utnyttjade trädgårdsland. Rader av bärbuskar har symmetriskt flankerat mangårdsbyggnaden. Blomstrande pioner och rosenbuskar finns nu tillsammans med den stora fruktträdgården, bestående av nästan 30 st äppel- och päronträd av olika sorter.
Den långa päronallén längs grusvägen ned mot gårdsbryggan är hårt åderlåten av ålder och misskötsel, men kan fortfarande skördas. Bevarade uppgifter från 1940-tal berättar om 340 äppelträd, representerande en lång rad olika sorter, ett 15-20-tal av dessa träd har överlevt. Öns sommargäster kunde fortfarande in i 1980-tal köpa potatis, frukt och grönsaker ur den legendariske trädgårdsmästaren Sven Johanssons hand.
Planer växer nu fram för att återerövra blomsterprakt och rika skördar ur sin slummer. Samarbete har funnits med Trädgårdsakademien och Mälardalens trädgårdsmästarutbildning (KY), båda i Enköping. Här har bl.a. föreslagits att återuppföra ett i äldre tid befintligt växthus. Genom en studie från Riksantikvarieämbetets yrkesutbildning i byggnadsvård (KY-Sala) föreslås en kryddträdgård med barockanläggningens arkitektur.
Namnformen "engelska backen" sydväst om mangårdbyggnaden erinrar om en engelsk park sannolikt anlagd i samband med uppförandet av den byggnation som kan dokumenteras med en "Projectritning på hufvudbyggningen vid Byggholmen". Solitärer i form av åldriga lönnar, lindar och almar kan härröra från äldre parkanläggningar. Flera väldiga ekar kan berätta om erfarenheter från både 1600-tal och 1700-tal.
Ristningen i engelska backen
I den "engelska backens" östra sluttning finns en text inhuggen i berget, påminnande betraktaren om romantiken i tidens anda; "Naturen här så vackert läre - läre oss känna upphofvets majestät…". Ristningen, signerad G.S. vars unika monumentalitet har tillkommit 1787, sannolikt på initiativ från hovjunkaren och medlemmen av konstakademien Gustav Silverstråhle, "en behaglig landskaps-teknare, samt skicklig i crayon och lavur med tusch". Flera teckningar och laveringar från Bryggholmen bär Silfverstråhles signatur. Silfverstråhle har även medverkat till en utveckling av Jean Eric Rehns generalplan över park och trädgård i Hulterstad i Östergöland 5 år senare. Rimligt är att tro att även Bryggholmens engelska park har Gustav Silfverstråhle som uppgovsman. Ristningen är idag bevuxen med mossa och kringväxt med sly. Tillstånd har erhållits från Länsstyrelsen att rengöra denna. Detta kommer att ske efter att rådgjort med expertis från Enköpings museum.
Genom att i samarbete med regionalt parkkunnande restaurera den engelska backen och ta en mellanliggande åker i anspråk, finns planer på att åter etablera en parkanläggning på Bryggholmens gård.